雖然我國化肥産業市場化改革早已提上主管部門議事日程，有關部門也早已印發了草案征求意見稿，但因改革究竟會給化肥生産與農業生産帶來什麼樣的影響目前尚無定論，所以改革方案至今沒有出台。目前比較公認的方案是：分步驟取消對化肥生産實行的優惠政策，即先取消天然氣優惠，再取消電力及運輸優惠，然後取消增值稅優惠，并對農民種糧實行直接補助。

    對此，業内專家分析，這一方案的實施有可能對化肥生産、農業生産和農民收入帶來以下影響：一是導緻化肥生産成本增加，部分企業因無力承受增加的成本，而影響市場供應能力；二是在市場經濟條件下，受國際市場和原料市場等因素影響，化肥供應和價格有可能出現難以控制的波動；三是導緻農民生産支出增加，進而影響糧食産量，降低農民收入。

    專家認為，我國化肥産業雖然正在逐步走向以市場調控為主、政策調控為輔的道路，但仍應保留一定的扶持政策。原料優惠，目前以天然氣優惠和中小化肥企業電價優惠占主導，煤炭優惠基本不存在；運輸優惠，目前僅化肥成品享受優惠，原料基本沒有優惠；稅收優惠，氮肥免收增值稅，複合肥生産中按規定使用免稅原料占 70%以上時産品免稅，但實際上複合肥生産很少能享受到這一政策；配額内進口化肥實行增值稅先征後返、淡季儲備貼息，相當于每噸化肥有50元的利息補貼。由此可以看出，化肥産業優惠政策雖涉及面很寬，但每項政策落實在不同化肥産品及生産企業中卻存在很大差異。總體看來，我國化肥産業優惠政策雖然随着市場經濟的發展在逐步減少，但仍達到400億元左右，影響程度大小依次為增值稅、電價、鐵路運價和計劃内天然氣價格。雖然政策改革對化肥産業的影響可通過技術進步、産業結構調整來适應，但化肥成本和出廠價上漲是必然的。化肥市場價格的上漲勢必給下遊消費者即廣大農民帶來影響，農民會選擇少買化肥甚至幹脆選擇放棄種糧，這将會嚴重威脅到國家糧食安全。

    化肥生産優惠政策的調整，對産業的影響是複雜的，随着調整力度加大，市場價格必然上漲，産業結構和産品結構都會發生很大變化。為此，專家建議：化肥産業走市場化改革是大勢所趨，但一定要有3～5年時間的過渡期，給化肥企業、農資市場建設一個逐步适應和調整的過程，這一過程是十分必要的。