有機肥除了能供給作物多種養分外，還能更新和積累土壤有機質，促進土壤微生物活動，有利于形成土壤團粒結構，協調土壤中水、肥、氣、熱等肥力因素，增強土壤保肥供肥能力。化肥具有養分含量高、肥效快，但肥效持續時間短，養分單一等特點。若将二者進行科學地搭配起來，不僅能防止有效成分的揮發流失，而且還可以使肥效大大地提高，滿足作物各個生長期對養分的需要。其好處是相當多的：一是可以較為全面地為作物生長提供養分。有機肥所含養分較全，肥效穩而長，不僅可以供給作物，而且可以供給土壤微生物氮、磷、鉀等養分，以及維生素和生長激素等。有機肥施入後，土壤中的酶活性增強，有利于養分轉化。如有機肥與過磷酸鈣混合，可以促進土壤中自生固氮菌的生長，增加作物氮素營養。二是可以提高肥效。如過磷酸鈣、微量元素等肥料施入土壤後易被固定而降低養分的有效性。如果化肥與有機肥混合使用，由于減少了化肥與土壤的接觸面，從而減少了養分的固定，提高了養分的有效性。又如許多化肥與有機肥混合後，化肥可以被有機肥料吸收保蓄，減少流失。再則，化肥與有機肥料摻合還可以促進有機肥腐熟分解，提高肥效。三是可以減少化肥單獨使用帶來的副作用。在單獨施用較大量化肥或化肥施用不均時，往往土壤溶液濃度高，影響作物吸收。